La incapacidad IMSS por COVID-19 debe tramitarse de forma presencial en la Unidad de Medicina Familiar o en un Módulo de Atención Respiratoria del Seguro Social que corresponda al colaborador. Tras el cerre de la plataforma "Permiso COVID-19", por parte del Instituto Mexicano del Seguro Social, ya no es posible tramitarlo en línea.
Bajo el esquema actual, un médico determina los días de reposo autorizados, otorgando el pago de un subsidio equivalente al 60% del salario registrado ante el Instituto a partir del cuarto día, de acuerdo con la Ley del Seguro Social.
Administrar correctamente estas ausencias asegura que tu organización mantenga la continuidad de sus operaciones sin incurrir en contingencias legales.
Además, permite dar un acompañamiento adecuado a tus colaboradores durante sus procesos de recuperación física, lo que fortalece el clima laboral y la confianza en la empresa.
En esta nota te contams todo acerca de la incapacidad IMSS por COVID-19, sus requisitos y cómo gestionarla.
¿Cómo se tramita la incapacidad IMSS por COVID-19 en 2026?
Anteriormente, el IMSS facilitaba la obtención de licencias médicas de forma digital para disminuir la movilidad de la población. No obstante, las autoridades determinaron dar por concluido el programa el 8 de agosto de 2022.
Actualmente, el trámite de incapacidad por coronavirus es totalmente presencial, por lo que se debe acudir a una clínica o Unidad de Medicina Familiar (UMF) del Seguro Social para ser valorado por un médico.
Si un colaborador de tu empresa presenta síntomas de contagio o cuenta con un diagnóstico positivo, debe seguir estos pasos para formalizar su ausencia laboral:
Paso 1: Acudir a la clínica de adscripción
El de derecho habiente debe presentarse en su UMF o en el Módulo de Atención Respiratoria del Seguro Social (MARSS) más cercano.
Paso 2: Presentar documentación oficial
Es indispensable llevar consigo una identificación oficial vigente, la Clave Única de Registro de Población (CURP) y el Número de Seguro Social (NSS).
Paso 3: Someterse a valoración médica
El personal de salud institucional realizará el diagnóstico clínico correspondiente para certificar el estado de salud física y determinar si requiere reposo.
Paso 4: Recibir el certificado físico
En caso de confirmarse la incapacidad para trabajar, el médico expedirá un certificado impreso que detalla el folio oficial y los días autorizados.
Si existe una prueba de laboratorio positiva, es posible agilizar el diagnóstico clínico.
El IMSS no puede condicionar la atención médica ni la expedición de la incapacidad a la presentación de este documento.
¿Cómo se pagan las incapacidades del IMSS en 2026?
El COVID-19 está clasificado como una enfermedad general, lo que significa que el IMSS cubre un subsidio equivalente al 60% del salario registrado del colaborador a partir del cuarto día de ausencia.
Esto se fundamenta en los artículos 96 y 98 de la Ley del Seguro Social, los cuales regulan las prestaciones en dinero para padecimientos de carácter no profesional.
El esquema de pago se divide de la siguiente manera:
- Días uno a tres: Estos días iniciales de la incapacidad no están cubiertos por el subsidio del IMSS, por lo que el patrón tampoco está obligado a pagar el salario de este periodo, salvo que existan acuerdos internos en los contratos colectivos o políticas corporativas particulares.
- Días cuatro en adelante: El IMSS asume la responsabilidad del subsidio económico, pagando el 60% del Salario Base de Cotización (SBC) que la empresa tenga registrado ante el instituto.
Existe una excepción en la clasificación cuando el contagio se cataloga como riesgo de trabajo: si el colaborador realiza actividades en sectores de alta exposición, como el personal de salud en hospitales, el padecimiento puede considerarse un riesgo profesional según el artículo 473 de la Ley Federal del Trabajo (LFT).
En este escenario, el IMSS cubre el 100% del SBC desde el primer día de la incapacidad.
Para ayudarte a entender mejor el pago de esta compensación, puedes revisar la siguiente tabla:
| Concepto | Enfermedad General (COVID-19 regular) | Riesgo de Trabajo (COVID-19 laboral) |
|---|---|---|
| Porcentaje de subsidio | 60% del Salario Base de Cotización (SBC). | 100% del Salario Base de Cotización (SBC). |
| Inicio del pago | A partir del cuarto día del inicio de la incapacidad. | Desde el primer día de la incapacidad. |
| Días iniciales (1 a 3) | No cubiertos por el IMSS (sin goce de sueldo legal). | Cubiertos al 100% por el IMSS. |
| Límite de tiempo | Hasta 52 semanas, prorrogable por 26 semanas más. | Hasta que se dictamine curación o incapacidad permanente. |
¿Cómo calcular la incapacidad por enfermedad general? Ejemplo práctico
El cálculo del subsidio de una incapacidad por enfermedad general como el COVID-19 depende directamente del salario base de cotización del colaborador y de la cantidad de días autorizados por el médico del IMSS.
Imaginemos el caso de Andrea, quien percibe un salario base de cotización de $400 pesos diarios y a quien el médico del IMSS le otorgó una incapacidad de 5 días por diagnóstico de COVID-19.
Para calcular el subsidio económico necesita:
Paso 1: Determinar los días con derecho a subsidio
Como la incapacidad es por enfermedad general, los primeros 3 días no generan subsidio por parte del instituto. Por lo tanto, restamos esos días del total de la incapacidad.
El IMSS solo pagará 2 días, que corresponden al cuarto y al quinto día de ausencia.
Paso 2: Calcular el monto diario del subsidio
Se multiplica el salario base de cotización por el porcentaje legal del 60% establecido por la ley. La fórmula es la siguiente:
Monto diario = Salario diario × 0.60
$400 pesos × 0.60 = $240 pesos diarios
Paso 3: Calcular el pago total del subsidio
Multiplicamos el monto diario del subsidio por los 2 días que el IMSS tiene la obligación de cubrir. La fórmula es la siguiente:
Pago total = Monto diario × Días subsidiados
$240 pesos × 2 días = $480 pesos
En este escenario, Andrea recibirá un total de $480 pesos directamente del IMSS mediante transferencia a su cuenta bancaria registrada en el portal del instituto.
Su empresa no tiene la obligación legal de pagar el salario de esos 5 días de ausencia, pero sí debe registrar la incapacidad de manera correcta en el sistema de nómina para evitar cobros indebidos de cuotas de seguridad social.
¿Qué obligaciones tienen las empresas ante una incapacidad del IMSS?
Los departamentos de recursos humanos tienen la obligación de registrar los certificados de incapacidad del IMSS para ajustar el cálculo de las cuotas obrero-patronales y el pago de la nómina.
Cuando un colaborador se ausenta por enfermedad contagiosa, se genera una suspensión temporal de la relación de trabajo. De acuerdo con el artículo 42 de la LFT, el patrón queda exento de pagar el salario diario, mientras que el trabajador queda exento de prestar sus servicios.
No obstante, la empresa debe cumplir con ciertos lineamientos administrativos esenciales:
- Registrar el folio en el SUA: Es obligatorio ingresar el número de folio del certificado de incapacidad en el Sistema Único de Autodeterminación (SUA) para descontar los días de ausencia en el cálculo de las cuotas patronales.
- Notificar en el IDSE: Debes reportar la incidencia a través del portal de Servicios del IMSS desde la Empresa (IDSE) para mantener actualizado el expediente del centro de trabajo.
- Ajustar el cálculo del aguinaldo y vacaciones: Las incapacidades por enfermedad general suspenden la relación laboral, por lo que esos días pueden descontarse proporcionalmente del cálculo de prestaciones como el aguinaldo.
- Mantener las aportaciones de vivienda: Las aportaciones al INFONAVIT y al Sistema de Ahorro para el Retiro se deben seguir calculando sobre los días de incapacidad.
¿Cómo simplificar la gestión de incapacidades con un sofware de control de asistencia?
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Nuestra herramienta está diseñada para centralizar toda la información de tu nómina y el control de asstencia, eliminando los errores en los registros manuales en hojas de cálculo.
Con Buk, puedes optimizar tus procesos de administración de personal a través de las siguientes funciones:
- Carga centralizada de certificados: Sube los folios de incapacidad emitidos por el IMSS de forma directa al perfil de cada colaborador para mantener un expediente digital ordenado.
- Cálculo automático de nómina: El sistema descuenta de manera automática los días de ausencia sin derecho a salario por enfermedad general, aplicando los porcentajes correspondientes sin necesidad de intervención manual.
- Sincronización de incidencias: Vincula el control de asistencia con la nómina para asegurar que cada día de incapacidad se refleje de forma exacta en el pago quincenal o mensual.
- Análisis de ausentismo: Genera reportes gráficos detallados sobre las bajas médicas en tu organización, lo que te ayudará a tomar decisiones estratégicas para mejorar el clima laboral.
- Portal del colaborador: Facilita que tus colaboradores suban sus documentos médicos digitales desde cualquier dispositivo, promoviendo la transparencia y la comunicación directa.
Al implementar herramientas como Buk, no solo simplificas las tareas de recursos humanos, también construyes un entorno laboral más eficiente y responsable, donde tus colaboradores se sienten respaldados durante sus periodos de recuperación ante na enfermedad.
Soy escritor especializado en startups, tecnología y transformación digital en los espacios de trabajo. Creo que sí es posible ser feliz en tu trabajo.
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